肺微生物组在肺结核的病理生理过程中起着重要的作用。目前只有少数基于16S rDNA扩增子测序的研究报道，关于结核分枝杆菌和肺微生物组之间的相互作用有待进一步深入研究。本研究利用鸟枪宏基组测序（shotgun metagenomic sequencing）系统分析比较了30例结核分枝杆菌阳性 (MTB+) 和30例结核分枝杆菌阴性(MTB-)肺结核患者支气管肺泡灌洗液(BAL)的肺微生物组。

MTB+ 患者肺微生物组Alpha多样性相比MTB-患者显著降低。MTB+患者和MTB-患者肺微生物组Beta多样性存在显著差异。MTB+肺微生物组以MTB为主，而MTB-微生物组中富含Streptococcus, Prevotella, Nesseria, Selenomonas 和 Bifidobacterium，接近健康人肺微生物组成。网络(Network analysis)分析表明MTB对肺微生物群落结构有显著影响。MTB+和MTB-群落表现出明显的差异性功能特征。肺部真菌微生物群落也与结核分枝杆菌的存在与否有关。此外，本研究对16S rDNA扩增子测序和鸟枪宏基组测序方法进行了比较，结果证实了16S rDNA扩增子测序严重低估了微生物组中结核杆菌的丰度，不适合肺结核杆菌相关微生物组学研究。

本研究首次利用宏基因组测序技术探索结核分枝杆菌与宿主菌群之间的相互作用。MTB+患者的肺微生物组中以MTB为主，而MTB-患者的肺微生物组中以链球菌富集为主。